幕府将军2：全面战争攻略
1869年来，西南局势逐渐安定，为巩固新政府的基础，为日后夺取关东做准备，设立藩兵以外隶属于新政府的御亲兵的呼声也日渐高涨。萨长及土佐出走藩士经过商议，决定实行“御亲政府”，称为日后将大权归于_亲政做准备。萨长藩士将意见书提交给藩主，最终得到了同意。3月25日宣布“版籍奉还”，即类似于关东方面县制的改革，核心是实现集权、精简官僚机构，并区分开公家与武家的职责。在原萨长藩领及占据地区实行，其他恭顺新政府的藩国暂时维持原状，但未来也将实行改革。废除藩别，城任命原家老、市任命原藩士为流官。并废除王政复古时的“旧三职”，罢免原任职者，任命“新三职”。
_睦仁作为御亲政府的君主及代表，规定上可以处理一切事务，实际上仅负责文教工作、接见使者、举行祭典。因_年龄尚小，由原萨摩藩大名岛津久光和原长州藩主毛利敬亲辅政，任“总裁”，有权批准或否决下级官员的建议；总裁下分别设置2名“参与”辅佐，是政府中实际掌权的阶层，其中一名负责处理政治，一名专司军事，岛津久光下由大久保利通、西乡隆盛辅佐，毛利敬亲下由山田显义、山县有朋辅佐；参与之下设多名“判事”，分别管理行政、寺社、财政、外事、陆军、海军等科，由藩士担任；科内再分设职员或中下级将领。
原皇族、公卿另设“集议院”，职责为监督政府，并实行立法之责。2名“议长”均由皇族担任，有栖川宫炽仁亲王任正议长、仁和寺宫嘉彰亲王任副议长；议长之下暂设5名“议定”，负责实际提交议案，岩仓具视、中山忠能、正親町三条实爱等担任；议定之下设贡士，主要由三位以下公家担任，并吸纳了一部分藩士参与其中，负责修改、执行议案。
由此，大名的权力被基本架空，在政治运动中活跃的藩士掌握了御亲政府的主导权，对倒幕运动参与积极的公卿获得了实际上超越其传统家门地位的话语权。年幼的_几乎不能直接接触事务，实际上实行了立宪君主政治。
新政府在新体制下实行了征兵。但是自江户时代以来，萨摩藩的武士占比高且强势，得以压迫庶民榨取收入，和幕末时代长州藩武士组成的正规军贫弱，庶民所组成的部队作用日益增强，造成了萨摩出身者与长州出身者对征兵对象的分歧。前者信任武士、鄙夷百姓；后者依赖百姓、迁就武士。而此矛盾不仅在当下影响到征兵效果，还会成为未来深刻的隐患。
二条幕府在征服丹波、丹后、摄津、播磨后如日中天，准备乘着势头正盛，继续西进。征西军兵分两路，一路由老中松平正质担任指挥，外国总奉行冢原昌义担任副指挥，率军4000沿山阳道从姬路城向新政府下的冈山藩进军，并有军舰奉行榎本武扬所率领的舰队援护；另一路由小滨藩主酒井忠氏担任指挥，陆军奉行竹中重固担任副指挥，率军3000沿山阴道向保持中立的鸟取藩发起诘问。陆军奉行高力忠良、宫津藩主松平宗秀率军一千五负责驻扎京都，随时准备支援两线，并防备庆喜_。公现_仍在京都御所内，德川家达则在正质的安排下随军亲征。
松平正质以从未停战为由，对新政府不宣而战，1869年6月1日在没有预告的情况下发动了突袭，打响了“己巳战争”的第一枪。军备不足的冈山藩受到毁灭性打击，藩领大部被占据，冈山藩兵躲入城中。随即新政府就近调遣原长州藩兵赶往支援，奇兵队1000余士兵及正规军1500向前线进发，原幕府老中阿部正弘的备后福山藩，在第10代当主阿部正桓的治理下保持了中立，同意了新政府的借道。奇兵队在二条幕府发起围城战时抵达，攻击围城营地。
7月3日，二条幕府山阳道军克冈山城。8月6日榎本舰队炮击广岛藩沿岸，8月9日榎本炮击岩国藩，并命令舰上士兵登陆，拆毁海防设施，焚毁海边村落。8月22日原长州舰队与榎本舰队交战，不敌遁去，损失1艘舰艇。8月24日新政府军增兵夺回冈山城。9月5日酒井忠氏指挥的二条幕府山阴道军与鸟取藩谈判破裂后交战，鸟取落城，藩政府撤向伯耆国领地，9月12日因幡国全境沦陷。9月18日鸟取藩迫于压力向新政府恭顺，请求援助。新政府接受恭顺，派遣两千军兵赶赴伯耆国，松江藩调遣一千兵力支援鸟取藩。10月山阴道军与新政府军陷入胶着状态；山阳道军在榎本舰队的支援下攻克冈山藩，11月3日收回备中国被新政府方面占据的原幕府天领。11月5日，备中松山藩家老称中立，不掺手新政府与二条幕府的交战，但松平正质以该藩主板仓胜静背叛二条幕府站在庆喜_一边，炮击松山城。作为仅5万石的小藩松山藩因士兵训练充足、武器充实，竟依据城池顽强抵抗住了二条幕府的大军，使其1个月后久攻不下，放弃攻打的念头，转而南下西进攻打广岛藩。12月5日，松平正质吸取了在松山城的惨痛教训，同意了福山藩的以借道换取中立的请求，不再逼迫其加入二条幕府方，以免节外生枝。7日进入到广岛藩领的山阳道军遭遇原萨摩藩兵及广岛藩兵的奇袭，受损后原地休整，27日二条幕府依靠海军支援于备后国击破广岛藩军，萨军撤离。1870年1月3日，山阳道军攻入安艺国，但伤兵的逐渐增多和弹药的大量消耗，使后勤愈发艰难，不久后回撤巩固占领区。
1870年2月1日（庆应六年元旦），因新年缘故双方休战。
期间老中松平正质为“向天下昭示讨贼之功”，策动京都朝廷任命其为从三位权中纳言，随后又与幕府内宣布在陆军奉行之上设“陆军大奉行”，而不使用德川庆喜在庆应改革时期设置的“陆军总裁”，以示区别；负责统领其他陆军奉行及管理一切与陆上军事相关的活动，定员一名，自任。随后同理任命榎本武扬为“海军大奉行并”，令其统管二条幕府的一切海军，主官虚位以待，称平定西国统一日本后再任命有功之人。随后正质再以德川家达的名义为其他人加官加禄。
2月3日榎本武扬及山阴道、山阳道军令副官监察前线，主将赶往在二条城内召开军议，商议解决后勤的对策。竹中重固说明了军中缺乏补给的问题，弹药即将告罄、而如今冬日时期棉服、柴火、食物已经出现了短缺，军兵中出现士气不振的、逃亡的情况。随后二条幕府向法国公使罗修斯请援，罗修斯告知武器弹药上爱莫能助，法国政府正在加紧欧陆的军备，无多余品外送；表示武器以外的大衣、军靴、腰带等服装和柴火、煤炭尚有结余，可以挤出一部分提供给二条幕府，以两千余两的低价售出，另外派遣了约70人的士官助战。双方缔结约定后，罗修斯承诺在4月前、7月前、10月前各送达一批。
2月13日战端再起。在松平正质的指示下，二条幕府的军队劫掠进军路线上的村落，称其为不服从朝廷的惩罚，并警示周边村落若不鼎力支持我军，同等处置，以此方式获取补给。并拉走村内的猎户，令其充当向导，或编入“山伏队”做类似于游击战的工作，以此补充兵员。
3月6日，双方于丰田郡鏖战。傍晚时胜负未分，新政府军向后撤离返回驻地，松平正质令部队原地驻扎，随即亲自拾其新政府士兵遗体，切下脸颊肉置于火上灼烤后配冷酒食用。并鼓励身边士兵效仿，以补充匮乏的食物。大多将士因深感恶心、难以接受而不愿遵从，亦有少数士兵因饥寒难耐或渴望肉食，亦或出于猎奇心理，也开始分食新政府军士兵遗体。
4月21日山阳道军攻克广岛城，除向西撤离者之外，城内降兵、藩士亲属一千余众被下令捕缚。按照松平正质的命令，年轻女子被进献给军中步兵奉行以上者、壮年男子重任劳力，年长者与孩童被单独关押，每日从中选取数十名杀害，并发给士兵分食，只宣称为山中野味畜肉，大可放心食用。副指挥冢原昌义反对未果，不久后二条幕府军中食尸、食人现象迅速传遍周边地区。
5月9日新政府军攻打广岛城，在松平正质的安排下，因补给极度匮乏而处于强弩之末困境的山阳道军激战片刻后，撤走城内物资，随后引燃城池与城下町向东撤去。2小时后，正当新政府军入城救火时，榎本舰队出现在海平面上，新政府军因浓烟和火势而未能及时发觉。随即开阳丸等军舰抵进海岸后，猛烈炮击广岛城，城内救火的众多新政府士兵死于炮弹与战火，广岛城彻底毁坏。12日新政府方放弃此地，不久后山阳道军占据附近地区，开始休整。
5月18日法国所派遣的士官在一次小规模冲突中注意到发现新政府军中亦有英国的军官作为参谋指挥，该消息传到法国国内后，法国政府十分震惊，慌忙下令在英方将此事宣传为“英法之间的交战”前立即撤回士官团，保持与英国在远东的利益一致的原则，避免直接冲突。二条幕府方面抗议，但终无法挽留士官团。
6月24日休整中的山阳道军副指挥冢原昌义建议到：眼下山阳道有海军支援进军顺利，不如由松平正质亲征派遣部分兵力北上直取松江藩，打破山阴道军的胶着。正质否决，认为应当尽快向西攻入长州藩领，并令在京都留守者再向前线调派援军一千；因弹药不足，下令京都周边大名立即进献。7月3日正质下令继续西进，于岩国藩领边境发生遭遇战。山阳道军已接近长州藩领，正质骑马巡回于各军队中，高呼“突入长贼巢穴，擒获睦仁伪帝就在眼前！攻克山口者功荫子孙，受封旗本世代永禄”以此鼓舞将士们提振精神。正当松平正质筹划攻克长州后如何再取九州、志得意满时，一个轰动的消息传来。
1870年7月19日普法战争爆发的消息严重打击了二条幕府。尽管法国已经不再直接协助，但毕竟提供了许多当下十分紧缺的后勤物资，这意味着外来的补给很可能即将断绝，作战无以为继。另外法国已经无暇顾及日本形势，英国将更有可能联合他国对二条幕府施压，或直接干涉战争。故军中开始出现丧气、绝望的风声。
8月11日新政府军趁势发动反攻，山阳道军败走。广岛城周边地区再度易手。15日英国果然干涉战局，以避免妨碍英方的商贸为名，告知二条幕府方面的军舰不得在濑户内海及以西地区通行，如有违反，英方将排除军舰驱逐。从此榎本舰队失去用武之地，泊入兵库港内维修、待命。
9月3日时山阳道军接连败退，后撤近100公里，退回备后国构筑阵地，转攻为守。山阴道军久攻鸟取藩未果，迟迟未能全面夺取伯耆国，受到普法战争的打击后亦后撤，进入占领下的鸟取城固守，而夜间持续受到城外游击的鸟取藩兵和倒幕志士的骚扰，经常发生粮草被劫走、岗哨及巡逻士兵被暗杀的状况。
二条幕府双线均不利的状况很快传入京都，一些支持松平正质的京都朝廷的公卿开始不安，近卫忠熙、近卫忠房、水谷川忠起、广幡忠礼等在京公卿开始频繁于朝议后私下密会。
随后另外一件大事爆发。
当在大坂的德川庆喜听闻松平正质前线败绩后，秘令军队开始准备，并令纪尾会桑四侯集结兵力。
9月9日，德川庆喜于大坂布告《讨逆表》。次日命陆军奉行浅野氏祐为主将、家臣黑川嘉兵卫监军，会津藩主松平容保为副将、大目付梅泽孙太郎为督军，率领4000军兵，向京都进发。
此时京都守备空虚，二条幕府直辖军事力量几乎全数派往山阳道前线，京都内部队寥寥无几，近乎全部依靠恭顺的藩国担任警备工作。
坂奈幕府军在久世郡爆发的前哨站中几乎全歼仅有200名二条幕府军，守方的陆军奉行高力忠良见部下战意全无，随即携十几名残兵亲信逃回京都。京都新选组局长永仓新八宣布中立，仅维护市内治安不参与交战；宫津藩主松平宗秀见势不妙，在高力忠良尚未返回二条城前已率藩兵撤出京都，退回藩国，准备宣布中立。彦根藩主井伊直宪闻讯向庆喜_方面快马送信，称加入庆喜一方，反抗松平正质的暴政，下令驻扎山科的500藩兵攻向御所方面，但训练落后战意不足的彦根藩并被高力忠良指挥的部队击败。
高力忠良集合了京都仅剩的直属陆军和他藩藩兵，粗略估计仅剩800名，见防守无望，便全数调回，意欲据守二条城死战。京都御所内的皇族、公卿逃亡，夺回自家宅邸，公现_下诏令守卫御所大门的各藩士兵驱逐仍旧支持二条幕府方的人员，表示中立非战的立场。
9月12日坂奈幕府军队保卫二条城，发动象征性炮击。浅野氏祐以“同为幕府陆军奉行”劝降高力忠良，并呈上德川庆喜的亲笔信，令其为幕府、德川家考虑，更不要负隅顽抗致使德川家康公以来的二条离宫毁坏。13日高力忠良同意降伏，二条开城，坂奈幕府全面占领京都。14日高力被押送往大坂。同日，坂奈幕府军兵分多路向兵库、丹波国方向进发。
当二条幕府方面听闻后方京都已被占据、京都附近的藩国大多向庆喜方面表示恭顺，以及山阳道军和山阴道军之间的联系将被切断时，士气更加低落。松平正质大惊之余，紧急遣使通知山阴道军放弃攻略伯耆国，即刻撤往山阳道方向汇合。16日山阴道军受到通知时后路已被完全切断，会桑军队即将抵达，主指挥小滨藩主酒井忠氏与竹中重固诀别，本意率藩军返回藩国再谋划后路，却迎面遭遇会桑军队，于是不得不当即向坂奈方面降伏。
17日山阴道军在西有萨长、东有会桑的两面夹击的窘境下，大部离散或各自请降。副指挥竹中重固带领不愿投降的兵将据守鸟取城，在坂奈幕府的攻势下仓促应战。18日午竹中重固兵败自尽，当晚余部即向坂奈幕府方面投降。
坂奈幕府方出兵丹波方向同时，庆喜已密信送往新政府方面，与新政府达成和平接收二条幕府占领范围的协议。不过庆喜主张恢复各藩藩主统治，令其复归藩领；新政府方面主张应接拜服于_之亲政下，最终不了了之，双方各自占领势力所及的范围。另一方面坂奈幕府军称作为庆喜的使者准备进驻兵库时，遭到各国公使以与松平正质所签订的条约反对，最终不得接收，自此兵库及周边地区实际沦为列强的控制范围，日本各势力均失去控制权。
坂奈幕府占据京都并向兵库进发的消息传来时，港内的榎本武扬闻讯率舰队出航离港。面临被夹击的困境，冢原昌义主张请降，松平正质否决恭顺论并令全军登舰，携德川家达航行于濑户内海。
19日夜，因担心在濑户内海中航行时会再度受到列强警告，松平正质使山阳道军三千五，兵分两路一路由自己亲率及榎本武扬的开阳丸等舰队协助下登陆支持新政府的伊予今治藩，一路由冢原昌义及泽太郎左卫门率领的富士山丸等舰船占据阿波藩治下但目前几乎未设防的淡路洲本岛，称“形势所需阿波侯理应协助京都朝廷”，准备依靠强大海军阻止新政府方、坂奈幕府登陆攻打，将此岛作为后路。
原本为避敌靠海而建的今治城，如今却在军舰大炮之下成为了轻易得手的目标，在炮击之下仅仅1天城池就沦陷了。松平正质不想浪费人手，在彻夜炮击后，待城内守军惊慌中自知不敌退去，再于白天派遣步兵占领。但这种战术面临着一个巨大的问题，即军舰的炮弹也将要告罄。占据今治城后，二条幕府军以城内的物资作为补给，但为了填补短缺，随后劫掠了城下町。仅4万石的今治藩无法组织起有效的反击，便向南逃入伊予松山藩领。
伊予松山藩曾在鸟羽伏见之战时为旧幕府军戍守大坂，此时已偏向庆喜_，但迫于二条幕府的压力，不愿接收今治藩惹上麻烦，也厌恶今治藩主松平定法加入新政府的态度。便以曾经作为同一战线之友，向松平正质订立协议，以驱逐今治藩残军换取二条幕府不侵犯藩领。几经辗转今治藩主及家老安落脚了宇和岛藩，被称为“四贤侯”之一的宇和岛大名伊达宗城立场上更接近庆喜_，暗下建议松山藩应当离开新政府，加入庆喜方，并示意四国的大藩土佐的态度。
至10月时，萨长新政府与坂奈幕府已将二条幕府在本州岛上的势力范围全部分割占领，二条幕府剩余兵力全数进入四国，占据了今治藩与德岛藩的部分领地。
（未完待续，接下一篇）
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幕府将军2攻略
1.因前两篇反响不错、推出新作的呼声高，故推出本文作为“幕府补完计划”系列架空文章的最后一篇。还是更倾向于写科普文，未来没有计划再写具有娱乐性质的架空设定。
2.系列文章的主旨是“作为一个_的德川家延续过1868年即幕末危机的几种较可能的情况”，至于过程轻松还是困难，结果好也罢坏也罢，不在考虑范畴，仅做推演。
3.同上条，诸如“这个_能撑过1890年吗”、“20世纪后会怎样”、“延续至今是什么样”、“第五代领导人是谁”、“士兵用什么武器”之类的问题，与正文无关。莫问，不知。
4.权当做是一次锻炼思维的史实推演，用以直观的回答类似于“旧幕府打赢鸟羽伏见之战会怎样”、“如果德川庆喜没有返回江户会怎样”等问题，探讨未发的可能性。
5.本作不是小说，仅仅是概况设定。完结后不再做深化。直接开源，如果有谁愿意接着完善，或者改编为其他作品，在标明出处及不违背原意的情况下做非商业非盈利用途，欢迎！
时代背景：
1853年的黑船来航开启了日本的幕末时代，经历了1858年的安政大狱、1860年的樱田门外之变，政局愈发动荡。1864年以一桥庆喜、会津藩、桑名藩所组成的“一会桑”_致力于弥合幕朝关系、平息国内局势、解决外交风波，但终究未能阻止形势巨变，禁门之变及第一次长州征讨后，斗争的中心议题从“攘夷或开国”转向了“倒幕或佐幕”。1866年的第二次长州征伐幕府方的失败使其权威大损，倒幕进程加快。
到1867年时，将来是要围绕朝廷实行尊王攘夷，还是以德川家为中心建立公议政体，倒幕派与佐幕派争论不休，不过至少废除幕府旧制已成为举国的共识。在这种形势所迫下，末代幕府将军上表大政奉还并获朝廷批准，将幕府权力交还给朝廷。虽然使以萨摩为首的倒幕派举兵借口失效，且无力执政的朝廷再度将国政暂时委任给德川家，但其希望通过召集诸侯会议新政府的构想因受阻挠而失败，佐幕派建立新政府的计划停滞不前。数月后决意以武力打垮德川家的岩仓等人发动了王政复古，小御所会议上宣告了新政府的成立，幕府成为过去式。
1868年初在萨摩藩的挑拨下发生了江户萨摩藩邸烧讨事件，旧幕府关东方面的庄内等警卫诸藩对萨摩发动了讨伐后，从京都退往大坂的旧幕府军再也无法忍耐，拒绝了德川庆喜提出前往京都参与新政府的提议后，大军上洛，行至鸟羽、伏见时受萨长的阻击，拉开了戊辰战争的序幕。鸟羽伏见之战中德川庆喜东归，随后确定了绝对恭顺的方案促成无血开城。11月新政府平定奥羽越列藩同盟，次年6月虾夷_的降伏宣告了箱馆战争及戊辰战争的终结，也为历时16年的幕末史划上了句号。
●“幕府补完计划”系列第一作《德川维新_》，简称为“上策”，构想的是德川庆喜大政奉还后带领旧幕府抢先建立新政府的世界线。最终化解了数次危机，建成了一个开明、进取、海防有力、睦邻友好的世界性贸易大国。
●第二作《德川统合政府》，简称为“中策”，模拟的是旧幕府主战派拒绝江户开城且打赢江户保卫战的世界线。最终建成一个集权而专制、强硬且高压、曙光与阴霾并存，文章结尾时国家刚刚暂时摆脱列强紧逼，还需收复失地，尚在艰难的探索期的区域性强国。
●本作即第三作《德川幕府再生》，简称为“下策”，推演的是旧幕府军阻止了德川庆喜东归江户而取得鸟羽伏见之战胜利的世界线。过程如何，结局如何，且看下文。
幕府将军2攻略
1868年5月3日（庆应四年四月十一日），原德川幕府的权力事实上分为三个中心，根据其自称及时人通称，后文将使用二条幕府、庆喜_和关东方面来称呼。
二条幕府
领导者：公现_（名义）、征夷大将军·德川家达（名义）、上总大多喜藩老中·松平正质、外国总奉行兼若年寄·冢原昌义
中心：京都
控制范围：京都、兵库等近畿中部及北部地区
支持者：若年寄兼陆军奉行竹中重固、陆军奉行高力忠良、军舰奉行榎本武扬、军舰头泽太郎左卫门、上总国大多喜藩、若狭小滨藩酒井忠氏、丹后宫津藩松平宗秀、三河国吉田藩主松平信古、上野国高崎藩主松平辉声，京都附近的藩国和部分幕臣，及永仓新八为局长的京都新选组。
现存军事力量：五千以上的幕府陆军含传习队，合约八千的各藩藩兵，及开阳丸、富士山丸、观光丸、回天丸、蟠龙丸等7只军舰及数艘运输舰。
合法性基础：攻入京都，拥立京都小朝廷，宣布萨长新政府非法；拥立第十六代征夷大将军。
诉求：武力讨伐萨长、平定国内二心者、拥立强有力的君主、强化军备、再造幕府。
世风：松平正质等人力倡京都朝廷的合法性以及德川家达作为唯一的幕府中心，政令应出自二条城而非他处；但颇受质疑，天下大名暗下讥讽。因将军居所及驻地位于二条城，世人称之为“二条幕府”。
庆喜_
领导者：大君·德川庆喜
中心：大坂
控制范围：大坂、奈良等近畿南部地区、纪伊、伊势两国及他处部分天领
支持者：会津藩主松平容保、桑名藩主松平定敬、纪州藩主德川茂承、备中松山藩主板仓胜静，土佐藩大名山内容堂声援。另有少数其他藩国及陆军奉行浅野氏祐等幕臣、市民头领的援助，及近藤勇为局长的大坂新选组。
现存军事力量：约两千的幕府陆军，五千各藩藩兵，两千以庶民为主体的临时征召的士兵，及2艘运输舰。
合法性基础：庆喜为先帝任命的征夷大将军，亦已继承德川家督，为政干练受到支持，且得到多数外国公使的承认。
诉求：迎回原_及朝廷；推进幕政改革，继续实行庆应以来的改革；废除幕藩体制建立新政府，令天下归服。
世风：因德川庆喜反对鸟羽伏见之战而在主战派中失尽人望，甚多握有兵权者鄙视该_；但因庆喜的出身和立场，在朝廷中颇有暗中支持者，诸藩中声誉较好，在野志士与庶民亦心往之。以幕府唯一继承方自居，自称“大坂新_”，因领导者驻地位于大坂，也颇为重视对奈良的开发，面对军事威胁亦随时准备迁去，世人称之为“坂奈幕府”或“庆喜_”。
关东方面
领导者：幕府将军·德川茂荣（名义）、陆奥下手渡藩主·立花种恭、播磨姬路藩主·酒井忠惇、山城淀藩主·稻叶正邦、肥前唐津藩大名·小笠原长行等一众老中
中心：江户
控制范围：江户、横滨等关八州（武藏、相模、上总、下总、安房、上野、下野、常陆）大部地区及部分各地的天领
支持者：下关藩主陆军奉行石川总管等大名、陆军奉行并小栗忠顺、步兵头大鸟圭介等大多数幕臣、江户市民
现存军事力量：约三千幕府陆军，大量可以随时征召的各藩藩兵，及千代田形、咸临丸、朝阳丸等数艘军舰及数十艘运输舰。
合法性基础：东照神君开幕之处、江户幕府的根基、老中政治一如既往、拥立德川茂荣为十六代将军。
诉求：稳固关东，建立县制，控制奥羽，增强实力；而后攻破萨长，统一天下。
备注：关东方面根基稳固，远离战火，但此前支援战事而国库亏空；老中虽大多同意改革却缺乏方向，意愿不强，亦有想要维持现状者，中下级官员积极改革，但意见不一且不能得到上层的全力支持，众口难调，进展迟缓；世人称之为“关东幕府”，并有“老中幕府”的诨名。
幕府事实上分裂后，带来的影响是巨大的。一些幕臣感到失望、绝望。前外国奉行川路圣谟于江户城内饮弹自尽，刚刚就任海军总裁的矢田堀景蔵反对内斗，不久后请辞。
5月3日，关东方面拒绝上总下总各藩求情，从江户发兵三千，由大鸟圭介、小栗忠顺等直扑上总国大多喜藩，沿途命令各藩协助讨逆。至大多喜藩领时，已聚集兵力五千。当军队压境时，大多喜藩内多数藩士及兵力和财物已被榎本武扬用军舰接走，赶往兵库；吉田藩的兵员也以此方式送往京都。此前榎本武扬曾登入江户城借口侦查西国动向需要，从城中搬走储备黄金一万余两及部分资料、武器弹药，当幕阁未产生疑虑时便即使离开了。
江户军兵遂占据藩领，令国家老切腹谢罪。并将原2万石藩领划为天领，随即在小栗的主张下划定为第一个县，置旗本为流官管理，开启了关东置县的进程。在随后至年底的时间里，陆续将关八州的天领旗本领及部分3万石以下小大名合并，设置为县。部分藩国士民发起反抗，虽不久后尽数平定，但破坏了当即原有的经济，农商离散，并引起横滨外商的不安，随后外国公使前往江户施压。在外国的压力下，为避免列强国家干涉置县的实施，承诺将整个横滨及周边地区交由外国代管，与次年签约确认。
二条幕府一方，松平正质认为强攻大坂必定损失严重，不如优先安抚京都周边藩国，令其臣服彻底收入囊中。判断德川庆喜不会主动出击，故应当将注意力放在萨长一边，防范其陆路来袭；且向山阳道方向的摄津、播磨和山阴道的丹波、丹后出兵推进，接管当地幕府天领，压服藩国。如果能击破萨长俘虏睦仁，则定能使天下归心。此外，于1868年10月23日（庆应四年九月八日）指使公现_于京都御所内宣布改元，年号「大政」。
（注：推演中此处未必一定是改元“大政”，这里采取之仅仅是为了对应历史，便于受众理解。读者亦可想象构思为其他元号，合理即可）
至年底，由于摄津国主要为幕领而轻易掌控，播磨国天领亦基本收服，三草、小野、明石等藩递交誓书；由于15万石大藩姬路藩主身为关东方面的老中，藩士从命拒绝向二条幕府恭顺，故于6月10日爆发战事，十天后姬路城毁于炮火，藩主酒井忠惇的支持者外逃，正质立酒井忠邦为姬路藩继承者，其余支持姬路藩反抗二条幕府的其他藩国亦遭惩处，播磨国平定。丹波、丹后国亦同。战事发生时，兵库内的外国公使同样为防止扰动港口的贸易，与代表冢原昌义定立约定，允许幕府方面船只自由出入港口、向幕府提供租金、要求将兵库港及边界延伸多少里的范围都归于外国方面共同管理。法国公使罗修斯虽然心中支持关东方面，也敬仰庆喜个人，但更为松平正质的强硬所打动，认为他才是能够统一日本的人物，故以兵库事件为契机，主导了谈判，并向正质抛出橄榄枝，双方开始了合作。然而欧陆局势将变，罗修斯拼尽全力也仅仅争取到了极其有限的一小部分物资支持送往京都，更多的是以公使个人的身份代表列强国家为二条幕府撑腰。
庆喜_为拓展兵员与税收，面对十津川乡士以抗税、囚禁役人等形式的反抗，5月6日在军队的陪护下亲自前往当地，与其代表对话。最终双方达成共识：十津川方面保持原有低税收、保持原有自治权、要求庆喜务必设法迎回赶往萩城的朝廷并确保幼帝及各皇族的健全；庆喜方面要求十津川配合征兵、自愿组织队伍巡查维护奈良地区的治安、不得发动或响应有违德川家（倒幕）的运动。虽然条件很多，但庆喜_总算是将幕府二百年来未曾有效管制的十津川乡士纳入了麾下，其成员守旧但忠诚，尊王且勇猛。
5月10日庆喜忠诚的家臣们，用人黑川嘉兵卫、小姓猪饲胜三郎、大目付梅泽孙太郎、农人出身的家臣须永传藏等侧近携人才兵马陆续集结在了大坂；涩泽成一郎思索再三，与松平容保等人一样，最终脱离了二条幕府一方，并带领了一部分友人回到庆喜身边，他们协助大君向周边地区征募亲兵、向目前还处于中立状态的藩国游说。庆喜再向在法国的德川昭武等人送去信件与强行基础资金，告知其继续在欧深造，切莫理会国内事端。同时由于法国援助的撤出，庆喜命家臣开始于其他列强交涉，美国为重新夺回因南北战争耽误的落后于他国的在日权益，有意向寻求帮助的庆喜_靠近。
对于京都朝廷改元“大政”一事，二条幕府控制范围内及周边的藩国大多实行；关东方面继续使用“庆应”；德川庆喜强烈谴责，拒绝使用；萨长新政府方面亦意欲改元，以示正统，但由于长期舟车劳顿，且典籍多留在京都，各方提出的建议均不能满意，最终不了了之，依旧沿用“庆应”。
当二条幕府与庆喜_均向京都以东拓展势力范围、寻求藩国协助时，关东方面实行县制改革，至1869年初时，控制范围内除部分反对派老中所属的藩国及另外两方的支持者外，已基本实现设县与流官，并征集。幕阁判断，如果向西部拓展势力范围，势必与另外两方迎面冲突，为此不如向东北进发，关东以北为大后方，且亦是江户时代幕府的支持者，但在维新的进程中依然落后潮流，且也未表达立场，故应当立即占据在这片广袤的土地，实行县制，充分开发当地的资源、吸收兵员，为日后向西竞争确立基础。
2月关东方面向东北各藩布告，要求其递交誓书，准备推行县制。5万石以下藩国立即置县，日后保障大名食禄无忧，5万石以上藩主可任命为县长官，10万石以上大藩敕准子嗣继承一代，日后土地归还幕府。由于此前关东方面在关八州推行县制时，面对的藩国或是幕府的传统支持者，或为石数低微的小藩，即使面临反抗也迅速平定，秉持着难以复制的经验故而对东北方面掉以轻心。
令幕阁意想不到的是，原本一团散沙的东北地区诸藩，面对置县的布告，竟然迅速地在仙台藩牵头下凝聚成了一个整体。2月15日由仙台藩一门石川邦光发起，数十藩国遣藩士参与，在仙台藩角田城举行了“角田会议”，会后派遣使者前往江户上书，称：时值天下纷乱，在京畿局势明朗之前，不应将战乱波及至臣等累世以死以相守之地。且旧主大树公偏居大坂、_避难长门，江户一家之言难以服众。待到大局将定时，奥羽武者甘愿倾心相助天下归心者。
被拒绝的幕阁大为光火，向仙台藩下达恭顺的10天最后期限。期限未到时，东北地区各藩以仙台、秋田、盛冈三个大藩为中心，米泽、弘前、中村、新庄、一关、八户等藩参与，于2月21日共同签订了《角田盟约书》宣告「奥羽列藩互保同盟」的成立，下文简称“奥羽同盟”。随后各藩阻止藩兵向南集结，守卫藩境。2月25日，幕阁发兵，东北战争爆发。
3月15日，关东方经由水户藩攻克棚仓藩，引起水户藩内不满，藩主倾向于庆喜_但迫于军事压力只得借道、天狗党意欲出走反抗；棚仓藩士北逃。3月26日两军对峙于三春、蓬田岳。4月5日大鸟圭介夺取磐城，4月20日关东方面抵进三春，三春藩随即倒戈。5月2日，老中立花种恭的下手渡藩遭同盟军毁灭，立花大怒。5月6日关东方抵进二本松城。5月18日关东方面石川总管率军大举攻入陆奥国，两军鏖战于中村藩，同盟方面集结重兵据中村城抵抗，给关东方面造成惨重损失，但在关东方面军舰炮火支援下终在6月29日弃城败走，仙台藩士姉齿武之进战死。东线中村城的陷落使西线二本松藩彻底陷入包围。
为支援前线，同盟方面不得不对领民增税，并征募庶民从军组成“草莽军”，致使盛冈藩内再度发生一揆。此外，奥羽同盟武器匮乏，技术落后，缺乏制造枪炮弹药的近代化工场。驻日普鲁士王国代理公使马克斯·冯·布兰德（Max von Brandt）为拓展海外殖民地，看准东北战争的机会，以提供武器援助为条件，于7月1日与仙台、盛冈两藩签订条约，规定将原江户幕府委任两藩所管理的虾夷地（约占今北海道的二分之一）治理权转让给普鲁士王国。
8月22日，普鲁士第一批运载约3000支格式步枪手枪等援助武器及考察团的舰队抵达仙台港。9月19日，普鲁士第二批船队抵达东虾夷地，宣布接管并升起黑白雄鹰旗。留守仙台、盛冈藩士乘运输船队撤回藩国，船上装有2000支德莱赛M1841步枪、其他枪支约4000支、20门大炮及所需弹药，26日抵达仙台港。装备新式武器的奥羽同盟士兵，在普鲁士为日后战争所积累经验而派出的见习军官团指挥下，渐有反攻之势头。关东方面小栗忠顺等亲法派希望谋求法国的支持，但1867年来法国政府终止远东战略以来，再加上当下欧陆形势紧张，拒绝了对关东方面的援助，故幕阁转而寻求江户幕府资深盟友荷兰的帮助，荷兰承诺提供援助，但筹措武器装备和运输的时间较长，提供量也较他国更少。
9月15日在关东方近两个月的围困下二本松城陷落，家老丹羽一学战死和二本松少年队殉难的消息引起其他藩国的愤慨，大量武士主动请战复仇并不惜发动决死冲锋。10月双方战线基本持平，关东方面士兵伤亡剧增。11月，奥羽地区严寒将至，关东方面决定暂缓进军，维持白石川-丸森-相马战线。至12月，同盟方面士兵愈战愈勇，以小队形式骚扰关东方面的阵地，渗透至敌后发动游击战，烧毁草场林木农庄驻地，令关东方面疲于应对。
1870年1月，关东方面与奥羽同盟议和。承认米泽、仙台藩领以南被占领区归关东方面占有；双方维持现有势力范围，奥羽同盟不再南下，关东方面不再北上。议和使得同盟方面几近崩坏的财政和民心获得缓解，但在议和线以南被遗弃棚仓、中村、二本松等藩的外逃藩士表示抗议，同盟内部也对大藩抛弃小藩的权宜之计感到后怕，各藩之间陷入猜疑。随后关东方面在新获得的势力范围推行县制，并镇压当地零星爆发的武士叛乱和农人一揆。
东北战争后根据关东方面的统计，关东方面战死者3792名，同盟方面战死者8931名，伤者未记录。经此一役，因大量军中武士战死，同盟方面的武士阶级统治根基有所动摇。
西国方面，新政府已经安定下来，1868年2月以来通过分发讨幕诏书，确定了中国地区的美作津山藩松平齐民、备前冈山藩池田茂政、出云松江藩松平定安、安艺国广岛藩浅野长勋、石见津和野藩龟井兹监、周防岩国藩吉川经健等表示恭顺新政府，承认睦仁为唯一_。鸟取藩虽然有许多藩士支持新政府，但藩主池田庆德碍于作为德川庆喜的兄长最终保持了中立态度，观望局势。四国地区除伊予今治藩松平定法外，均保持中立太多或偏向德川家一边，分歧仅在与支持哪一个幕府。九州地区除丰后佐伯藩毛利高谦外对于响应新政府号召的藩国寥寥无几。
确定了幕府方面无力西征后，地处九州南端萨摩、在第二次长州征伐后占据了北九州丰前小仓藩领的长州藩，经商议后计划打通陆上联结的通道。考虑到九州西部福冈、熊本藩体量大难以攻克，便决定向九州东部的各藩发动征伐。
九州中东部的藩国没有向新政府表示恭顺，日向延冈藩藩主内藤政举曾命藩兵作为幕府联军一员参与第二次长州征伐，在鸟羽伏见之战时为旧幕府军戍守大坂；丰后冈藩中川久召在尊王攘夷运动盛行以来长期持冷淡态度；丰后臼杵藩稻叶久通为旗本之子过继到藩内，且与土佐藩的山内容堂是亲戚，故暗地持佐幕态度。于是此三藩成为受讨伐的对象，1868年6月3日被新政府指认为“朝敌”，6月21日“九州征伐”爆发。
新政府军从南侧的萨摩及其支藩佐土原藩领，和北侧的长州藩占据的小仓藩，及中部恭顺了新政府的佐伯藩，三线同时发起进攻，直扑延冈、臼杵、冈等藩。7月16日各藩一度集中兵力将新政府军佐伯线的军队击溃，逼迫全线其撤往临海的一角佐伯城，然而在海边新政府军拥有军舰舰炮的支援以及从他处运输来的补给、兵力，最终未能攻克城池将其尽数赶下海。反而大部兵力被拖住，使其他几线兵员不足逐渐陷入被动。
9月2日，佐伯城内新政府军与萨摩运输舰投送的2000余藩兵发动反攻，突围成功，围城结束。佐伯一线各藩阵地迅速崩溃。9月8日，新政府军收复佐伯藩全境。9月17日切断臼杵藩与冈藩的联系。10月3日臼杵藩降伏。10月20日新政府军逼近延冈城。11月29日冈藩降伏。12月24日延冈藩降伏。1869年1月新政府军扫荡山中各藩残军，中旬宣布九州征伐结束。
随后新政府为实现东征，践行“从速复洛”的口号，一面推行新的兵役制度加紧征兵、一面大力拓宽与外国的贸易增加收入、另外为寻求英国在外交立场和武器后勤及技术上的援助，双方展开外交谈判。为排挤美国在琉球及日本西部的利益，要求萨摩藩将琉球的治理权转让给英国；为保证列国在下关的通行权以及英国的实际控制权，长州藩需将下关租借给英国以抵消下关战争以来的赔款、此外新政府开放佐伯城及周边地区为通商港口、港口划定为外国人聚居区等，1869年3月14日新政府与英国正式签订条约。
幕府将军2攻略
1868年1月19日（庆应三年十二月二十五日）江户萨摩藩邸烧讨事件。时值德川庆喜携将士及会桑离开京都避风头，入驻大坂，等待越前候松平庆永、土佐侯山内容堂传递上洛书信，以期参与朝议，任议定进入新政府。老中板仓胜静和若年寄永井尚志一度劝举兵，德川庆喜以我军未有匹敌萨军者及背负朝敌恶名拒之，板仓等人言及军兵将可能刺杀主公并独断行动。江户骚乱消息传入大坂后，不久后对萨情绪激愤的旧幕府军将士们狂呼作战，庆喜终未能阻止。
1月27日（庆应四年一月三日），旧幕军以松平正质为先锋总督、塚原昌義为副总督、竹中重固为指挥使，召集会桑等亲藩谱代，汇集约一万五千兵力上洛，泷川具知携《讨萨表》欲入宫清君侧，受萨军阻拦，下午17点后，鸟羽伏见之战爆发。旧幕军遇袭受重创，当晚两军各自后退。
1月28日，旧幕联军以传习队及会津、大垣军破萨长，夺富之森；榎本武扬以开阳丸于阿波冲海战破萨军舰只。然未能乘胜追击，佐久间信久被狙杀、第十二连队长洼田镇章及连队副长秋山铁太郎战死。晚间朝廷任命仁和寺宫嘉彰亲王为征讨大将军，授锦之御旗及节刀。
1月29日，双方激战。萨军苦战，五番队监军椎原小弥太被击毙。后萨摩炮兵支援赶到，形势转变，旧幕府军淀方向撤退，萨长军追击。
1月30日，在淀藩禁止入城和锦之御旗出现的轮番打击下，旧幕府军在前线败绩，退入大坂，见将士陆续入城，凶讯频传，庆喜心急如焚。
当时会津藩士军事奉行添役预感凶多吉少，准备入城劝谏德川庆喜速速东归，再议对策。然则因前日战斗中因被炮弹破片击伤大腿，拖缓行动，以至于神保入城时，众将士已经围住庆喜，高呼应继续作战。而此谏言决不能当激愤的将士们的面讲出，于是只能旁观，面见未果。
德川庆喜在与众人商议对策时，提出应当暂停交战，巩固大坂防备，向朝廷方面派遣使者沟通。修理听闻略出一口长气，并表示赞同。
然而将士们拒绝防守，先锋总督大多喜藩主松平正质、会津藩主松平容保等认为应当优先讨伐淀藩立威，兵分多路攻入京都，令敌方防不胜防，还要求庆喜出马亲征。有人谏言道：“请大人出阵，携带东照宫的御马标，定能克敌。” 若年寄永井尚志、指挥使旗本竹中重固也力主作战。唯有庆喜、神保反对作战，老中备中松山藩板仓胜静偶尔为庆喜说几句话，但也更偏向抗敌。会议终以主战论占据上风且不欢而散。
1月31日，追击萨摩军舰春日丸、翔凰丸、平运丸得胜归来的军舰头开阳丸舰长榎本武扬入城，闻讯称战事无忧，应立即出动江户的舰船向京都运输大军，自身则率开阳攻入萨长领海，鼓舞旧幕府军作战。榎本的言辞可谓给大坂城内的气氛火上浇油，随即在次日，收拢溃兵、稍作整顿的旧幕府军就再度向京都开拔。同日，朝廷下达《德川庆喜追讨令》，旧幕府方被视为朝敌。
2月1日，旧幕府军收新政府军防备较弱的男山、八幡，双方沿木津川对峙。同日下午，追讨令传入旧幕府军中，当日引发部分藩国的不安，以及两千余人的离散或逃亡。
2月2日，旧幕府军兵分两路。一路从南方炮击淀城，守军反抗。期间城内家老激烈争论，支持倒幕论和退出幕府联军的田边权太夫一派受到质疑，最终两派妥协。不久后淀藩与旧幕府军停火，城内献出500条步枪及一千两黄金，承诺不向新政府军提供协助、不阻拦旧幕府军从城下经过，换取保持中立。一路攻打倒戈的津藩所把守的山崎、天王山，因津藩占据地利和萨长方的支援，旧幕府军付出惨重代价但夺取阵地未果。
2月3日，旧幕府军准备越过淀城。上午松平正质命人布告“萨摩持伪敕挟幼帝制造事端，临近大名应迅速协助公仪清君侧，关东大军将乘铁甲舰赴近畿讨贼”。中午众将士推举“将军亲征”，将德川庆喜半推半就地带上阵前。午餐后向前进发，在淀城下与赶来布防的新政府军激战。一度越过淀川，但当晚退回，双方撤军。
2月4日，上午旧幕府军越过桂川，沿桂川、宇治川两岸发挥兵力优势多路行军。迫使萨长方面分兵布防，削弱单个阵地防卫能力。天王山处津藩守军为防止后路断绝，向北撤回京都。双方激烈交战，随着交战时间延长旧幕府军缺乏基层指挥士官的劣势显现出来，调动不灵，当战场形势超出预定情况时，往往不能随机应变。在新政府军的大炮压制下，攻势于傍晚被击退。晚间萨摩发动夜袭，旧幕军退回淀城下，当_伤及逃亡超过一千。
2月5日，松平正质谏言，使德川庆喜于阵前讲话，提振士气。并先以步兵连队诱敌，午后派出传习队攻坚。萨长方面因人数劣势，撤出无险可守的大坂街道，向北退到下鸟羽-竹田一线。当日晚旧幕陆军就地休整，派出会津、桑名、大垣藩军持续骚扰，藩军虽未能取得实质成绩，且于黑暗中受到枪击伤亡不断，但令萨长士兵无暇休息，苦不堪言。
2月6日，在京都御所的萨摩藩士指示朝臣宣令，命在京都的各藩驻军协助新政府。以此方式临时征召了鸟取、冈山、安艺等藩邸的共计八百名藩兵。
2月7日，榎本率开阳丸抵达周防滩，因孤舰不敌海防炮台群，便在开炮示威后于附近巡游，令萨摩、长州运输船不得出港。同日双方陆上激战，传习队破敌。土佐藩密约脱走军队山田喜久马、山地元治前来助阵，巩固阵地；涩谷传之助队就地待命，拒不出征。
2月8日，关东方面得讯派出运输船向京都增派一千余兵力及弹药补给。陆上双方再度交战，晚间各自退回。
2月9日，旧幕将领军议，德川庆喜因风寒未出席；军队就地休整。新政府方面派出小股部队骚扰。随后双方继续对峙。当日晚军议结果由竹中重固告知庆喜，竹中称我军将放弃最初的大军由鸟羽、伏见两方向沿大道前行，改为由不同连队分兵共计9路向皇宫方向发起包围，会桑等藩兵及新选组随军后方，伺机而动。
2月10日，步兵第四连队的横田五郎三郎收复伏见奉行所。多路出击令新政府十分被动，正如西乡隆盛所言：“若幕军分兵多路，我等终防不胜防”。旧幕军不断推进，但长州所固守的阵地仍未攻克，双方围绕据点展开争夺战。
2月11日，会津军与新选组吸取上次失败的教训，携带了足量的火器，于第二次御香宫争夺战中，最终夺取了萨军的阵地，缴获未能及时搬回的大炮2门。
2月12日，萨长军队向北退回鸭川，旧幕陆军紧随占据下鸟羽-竹田。因旧幕军持续集结，新政府军于深夜向后退至东寺，连夜收集酒桶木箱沙土堆积在街道上。晚间，关东方以舰船向京都增兵的消息传入皇宫内，朝臣大乱。长州藩再次提起移驾_的意见。
2月13日，在松平正质的授意下，由副总督冢原昌义引路带德川庆喜巡视各阵地，激励将士；天寒，庆喜风邪未愈，发热不退，赶往伏见街道旅社休息。在两军炮击下东寺毁于战火，萨军弃之。会津军于房屋掩护以白刃战杀入聚乐町长州阵地，再夺大炮1门。旧幕东路军占据伏见稻荷大社，举行祈运仪式。
2月14日，经过苦战旧幕中路军夺回上鸟羽，西路军占据久世桥。因旧幕军临近御所，长州藩终决定将_沿山阴道带向萩城。此举引起越前、尾张、土佐三藩的不满。朝议上山内容堂大骂赞同此计划的岩仓具视，称京都才是天子之处，长州移驾之心值得怀疑，上一个出走西国到达山口的_，可否在坛之浦海下见到皇宫？中山忠能指责其失言，岩仓争辩。但入夜，萨长藩士依旧将明治_带出皇宫，坐入凤辇意欲抬走。松平庆永指示越前藩兵阻拦，与长州军交战。但因尾张藩兵力不足、土佐藩兵心向新政府而不听命，最终未能阻止。越前与长州的夜间交战引发的炮声、火光，引起了前线新政府军的注意，士气动摇，旧幕府军亦观察到远方的状况。
2月15日，清晨旧幕府军在交战时发现敌军火力大不如前。除殿后的萨摩、土佐的少数部队，萨长军队主力已携_及一众皇族、朝臣向西沿嵯峨、龟山出走。中午时分当旧幕府军察觉敌军主力已远去时，其队伍已抵达菟原附近，当晚驻扎褔知山。下午四时，旧幕府军进入二条城，与离开时相比室内已面目全非。晚六时，攻打御所，当时新政府军的殿后部队已大部向御所聚拢，做最后反抗。越前藩兵阻止其进入皇宫，将其拦在京都御苑门外。
2月16日，身处御所内墙之外抵抗、前有旧幕府军后有越前军的新政府军士兵见突围无望。以土佐藩士二川元助为代表，向旧幕府军宣告降伏，萨长土安鸟冈等藩降兵共计二百六十余，鸟羽伏见之战结束。新政府军伤亡被俘共计两千四，旧幕府军伤亡逃离共计五千六。
虽然旧幕府军攻占下京都，但不如说是新政府主动撤出，并未完全击破敌军留下深重隐患；另一方面赢得鸟羽伏见之战后，旧幕府内部失去统一目标，诉求不一、各自为政的问题开始显现。
上午十时旧幕府军进入御所，御所内除越前侯、土佐侯之外，仅有少数公卿在内，其余者或遂萨长离去，或提前离开御所返回自家宅邸避难。松平正质下令将除萨摩、长州以外的降兵，悉数就地处决，御所门外血流成河，军中大惊。连同土佐藩兵一起处决的消息，山内容堂闻之不满，廷中申斥正质的越俎代庖之行。新政府军继续西进，沿途以_名义发布讨幕诏书，吸纳倒幕志士。
2月18日，旧幕府军内部商议降兵如何处理时，德川庆喜等认为应当暂且关押，而松平正质称应当警示天下。最终通知在京的各藩代表、市民观看，仿照关原之战后的处理，将知行100石以下的百余名萨摩、长州藩兵押至六条河原，正质命冢原昌义宣读萨长挟持_反抗公仪的罪状书，随后将其全部斩首，处刑从中午持续到下午才结束，围观群众中即有昏倒者、孩童大啼不止。随后将首级装满四架马车运至三条大桥，堆落路旁形成人头山包，时人大惊。
2月19日，关东方的援兵才抵达大坂，清晨6点运输船入港。
2月20日，在京坂的旧幕府诸将领、幕臣及联军大名齐聚二条城内议事，决定今后方向。庆喜、容保等认为应当与萨长停战，先通过交涉迎回明治_，而后厉行改革，再准备征西。正质、重固等认为绝不能与萨长议和，即使暂时让长州扣留_也无妨，主张宣布大政再委任，会桑侯虽反对不及时迎回_和朝臣，但对大政再委任持支持态度，唯一的争议在于由谁来宣布再委任。恰逢庆喜发热难耐，正质安排永井尚志带其退场休息，随后宣布一系列措施后休会。
2月21日，松平正质主持下说服了在京的诸亲王、公卿出席，召集各藩代表旁观，在京都御所内召开会议。以“大树公德川庆喜”的名义宣布《王政复古大号令》出自萨长阴谋是为非法，恢复幕府及摄政、关白和京都守护职、京都所司代身份。恢复中川宫朝彦亲王权力，恢复二条齐敬的关白身份、并作为幼帝明治_的摄政。以摄政身份宣布“大政再委任”，朝廷继续委任德川家以征夷大将军、武家栋梁的身份统领天下大名，再兴幕府。
近卫忠熙、近卫忠房等公卿也得到了复权，忠熙复任左大臣兼内览、忠房复任内大臣。被松平正质作为其控制下的京都朝廷的合法性证明，令其按照传统举行各项仪式，并暗示其多向世人传达我方正统的讯息。
当时德川庆喜被安排在残破的仙洞御所、大宫御所内修养，此地在1854年的火灾后没有得到重建，如今仅有收拾出来的落满灰尘的旧房、几棵残柳、近乎干涸的池塘，好在有御典医松本良顺等人前来陪同，病情逐渐好转。听闻御所内会议的经过后，十分吃惊；消息传至诸藩也引发了对京都局势的热议，疑虑再委任的正统性，对新政府和幕府均采取保持距离的态度。
2月25日，庆喜身体渐愈，意欲前往御所参加朝议。然而在正质的安排下，老中板仓胜静劝阻其安心养病，待到痊愈后外出不迟。同日，榎本武扬率军舰回归，泊入大坂港，入城拜见德川庆喜，面对似乎忧心忡忡的前将军，榎本放言表示鼎力支持。
2月26日，正质命冢原昌义等率军南下质询淀藩，令田边权太夫切腹、淀开城；命竹中重固责备津藩藩主藤堂高猷，捕缚津藩军统帅家老藤堂采女，捣毁津藩藩邸，藩兵受关押，反抗者悉数处死；鸟羽伏见之战时对双方均有参加的彦根藩屈于幕府军威慑，未防止招致讨伐井伊直宪向松平正质递交了誓书，藩内也由此走向分裂。
2月27日，德川庆喜将松平正质召入仙洞御所住处内，谴责其暴行。正质接受谴责但不做保证，不久后退去。庆喜再召，正质拒往。
2月28日，松平正质募集兵力6000，自命征西先锋总督，将部队陈列在二条城内外，布告准备发起海陆攻势，讨伐萨长。随后向新政府派出使者，说明此通知。另一边向关东方面派遣多名使者沟通，要求不惜成本继续增兵，幕府关东方因后勤不足、财政压力大，反对西征；小栗忠顺等人认为应当安定关东、奥羽，并将资金节约于财政改革上，劝阻未果。
3月10日，松平正质的使者到达宽永寺，以京都方面有佛事活动急需支持为名，私下邀请伏见宫邦家亲王第九王子轮王寺宫上洛；同时使者还向关东方面和田安家说明德川庆喜身体状况不佳，应使血统接近宗家的田安龟之助前往京都坐镇，隐晦表示以防万一将军若后继无人会动摇人心。
3月16日，落脚于萩城的新政府送来回信。不仅称明治_不愿回京，且宣布二条摄政等京都方面为伪朝廷，非法者天下共击之；剥夺松平正质、板仓胜静、冢原昌义等人的官位。
3月19日，中川宫朝彦亲王夜访仙洞御所，劝德川庆喜做好万全准备。
3月29日，使者将轮王寺宫、田安龟之助陆续带到京都。关东方面虽然允许了龟之助上洛，但对眼皮底下的轮王寺宫也被接走的消息感到疑惑。闻讯老中首座酒井忠惇便遣使令京坂方面做出解释，老中稻叶正邦对正质擅自处理淀藩一事感到不满，准备上洛亲自质询并观察京坂局势。
4月1日，正质带二者前往东山孝明_陵参拜，为国事祈运。
4月2日（庆应四年三月十日），松平正质、竹中重固等拥立孝明_义弟轮王寺宫为帝，上午九时于御所内行即位礼，时人通称“公现_”，松平正质叙任正五位下兵部大辅；宣布与奸贼外逃的睦仁为萨长扶持下的伪帝、新政府非法、朝廷根基在于京都。下午三时，策动新皇下令，任命田安龟之助为征夷大将军，是为第16代幕府将军，为自王政复古以来悬空的将军之位填上了空缺，并提正质、昌义等人为正职辅政。消息一出，天下哗然。后人称之为“京御所·二条城_（きょうごしょ·にじょうじょうせいへん）”。
（注：推演中此处未必一定是拥立轮王寺宫和龟之助，这里采取之仅仅是为了对应历史，便于受众理解。读者亦可想象构思为其他人，合理即可）
4月3日正质遣使于兵库会见外国公使，称幕府依然为日本国唯一的代表，新政府为非法组织，请求支持。再以将军名义命令关东方要求倾尽江户城内军兵与萨长一战。同时要求幕臣若无许可，不得私下会见德川庆喜，以免打扰前将军安心养病。山内容堂借故整顿藩内背叛者，率先归国。
4月11日，关东方面来信京都，对新皇登基表示了祝贺，赞同征伐关西萨长，承诺以运输舰送出物资以表支持；但没有对拥立田安龟之助为将军一事表态，也没有接受人事安排。对于松平正质要求增兵攻打萨长，称恕难从命。
4月15日，征西总督指挥幕府征西军沿新政府撤离路线出发，松平容保、松平定敬等同行，意在安抚受挑拨的诸藩；另由榎本武扬率军舰4艘停靠在大坂港内待命，随时准备从海上协助攻势。各藩虽不愿意借道，但大军压境也只得放行。鸟取藩内部争议不断，藩主池田庆德虽厌恶幕政，但毕竟为德川庆喜之兄，不愿与幕府军直接冲突；而藩士中有主张接受新政府领导，将幕府军拒之藩领外，不惜一战的想法。故争执不断，未给向幕府使者出明确答复，松平正质意欲讨伐之。
4月16日，中川宫朝彦亲王携侍从冒险夜访仙洞御所，面对守卫的大多喜藩兵称虽有兵部大辅的禁令，但那是对于幕臣而言的，自己以亲王身份探望病情，侍从为擅长治疗发热的名医。见到庆喜后表示应当趁松平正质征西不再洛中之机，立即出走，得庆喜同意。
4月17日，凌晨一点德川庆喜与中川宫的侍从互换衣着，扮作随从身份与中川宫一同离开仙洞御所。行至中川宫在旧恭礼门院的女院御所府邸，庆喜家臣榎本道章在中川宫的安排下已在此处静候多时，亲王嘱咐庆喜几句后令其一同策骏马前往大坂，告知城内尚有通晓事理的会津藩士神保修理留守，或可寻求帮助。下午抵达城下，只称常规巡查，卫兵未阻拦，庆喜顺利入城。入城后，守将陆军奉行浅野氏祐得知情况后犹豫再三选择了站在前将军一侧。当时步兵第十一连队及其他部队正驻防大坂，庆喜下令封锁城门，不得任何人通行。随即向关东方面送去密信称松平正质抗命、应当将其立即召回责问；向江户及一桥领召回家臣及侧近；并向纪州藩主德川茂承派出使者，请求援助。
4月19日，出征在外的松平正质听闻德川庆喜出走的消息，立即命大军原地驻扎，与心腹召开会议并遣家臣追查庆喜下落。同日新门辰五郎辞别公现_，并带上其问候率部下进入大坂护卫；德川庆喜在新门等一众人的陪同下当日向东赶往大和国天领。
4月20日，幕府征西军向京都返还。上午十时庆喜在奈良招募五百人手，命其返回大坂城内待命；随后轻装向南进发，当晚进入五条代官所。
4月22日，庆喜在五条宣布松平正质等人为逆贼，紧急征募忧国之士，奉行所向周围村落征兵。陆续有乡士、农人应征；十津川乡士闻讯暗中集结，策划尊王活动，抵制幕府方面的招募。驻守大坂港内的榎本武扬思虑再三，认为庆喜软弱不对萨长举兵，难以实现自身之夙愿，故留下信件不辞而别，率舰队泊入京都方面控制下的兵库港。
4月24日，征西军抵达京都，正质获悉庆喜已至大坂，命部队向宇治川集结，封锁桥梁。德川庆喜已返回大坂，发放城内武器，武装新征募的士兵，就地展开训练；于大坂内会见外国公使，称京都局势暂时不稳，幕府政令应出自大坂，事态将会在未来妥善处理。
4月26日，征西军开进至淀城下，命淀藩协助今后行动；正质在会议中表态：我军应接收大坂城，巩固后方；庆喜已非将军，无职无权，不得号令军队，虽前大树公此时仍保有德川宗家的身份，但龟之助已受任将军职，理应拱手相让，且不再插手政局，回到关东颐养天年；即刻派遣使者令庆喜让出，若无诚意，当兵谏之；德川茂承答复送至大坂，纪州藩决定支持庆喜。
4月29日，关东方面回应。告知京都方，虽前日恭贺新皇即位，但只是出于萨长奸贼劫持天子外逃，为稳定局势的权宜之计，毕竟睦仁亲王为先帝遗子，当萨长主动归还或迫使其送回睦仁归京，理应再使其复位；任命年仅5岁的龟之助无法统御幕府，执掌天下，故不能接受，应当拥立松平义建五男即一桥家第十代当主德川茂荣为将军。告知大坂方，备前守（松平正质在孝明_时受任的官职）虽有失道，但毕竟路途遥远爱莫能助，幕阁已准备平定关东，令大多喜藩降伏；然则大树公任将军职时未曾回归江户，使天下中心从神君奠基之江户移至京都，受异心朝臣牵制，岂无罪乎？
5月1日，会桑侯及尾越侯因反对与庆喜刀剑相向，故在激烈争论后，因未能说服松平正质、冢原昌义等人，故松平容保与松平定敬双双请辞“京都守护职、京都所司代”后退出京都，追寻庆喜，会桑大军南下，征西军虽得到封锁桥梁的命令却无人胆敢阻拦；德川庆胜反对同室操戈，紧随会桑暂往大坂查看情况；众人离去后，松平庆永在京滞留数日，亦率军返回福井。新选组中近藤勇、土方岁三等人称容保公、庆喜公有恩，故追随会津军离去；永仓新八、原田左之助等人因与近藤理念有所冲突，以此为契机称新选组应当维护洛中治安故留下。新游击队因战事告一段落，改回“京都见回组”之名，继续以警备京都为职责。受正质越级任命为军舰奉行的榎本武扬心向京都，但并不公开表态，率舰队出航，准备前往关东将能调动的物资尽数搬往兵库。
5月2日，会桑军队进驻大坂，庆喜大喜过望，命会桑藩士协助操练庶民兵。派遣步兵第十一连队驻扎石清水八幡宫，防范对岸的征西军。依据近臣西周的意见书《议题草案》开始实行“大君制政府”的改革。在资源获取方面，由于并无控制军舰运输船，便租用外国商船从他处运输后勤物资，但开销巨大。
5月3日，松平正质策动京都朝廷剥夺德川庆喜官位官职，称庆喜非能担当武家栋梁及德川宗家者，立龟之助为德川宗家、武家栋梁、源氏长者，更名德川家达；备中松山藩主板仓胜静虽支持对萨长强硬，但对处罚庆喜于心不忍，最终也南下追随庆喜。同日，关东幕阁发布《讨逆檄文》，宣布松平正质既违背幕阁命令，又非真心尊王，剥夺其老中格，令幕臣及大名切莫跟从，并由大鸟圭介、小栗忠顺带队，庄内、上山、鲭江、岩槻等藩跟从，发兵上总国大多喜藩；德川庆喜指责关东方面无尊王之志，也无大局观念，如今还肆意干涉德川家，意欲拥立德川茂荣为将军，非忠臣也。
